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2025-08-23T04:39:22Z

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'''用測序檢測轉座抹會著的染色質'''（'''ATAC-seq'''，英文攏號做'''A'''ssay for'''T'''ransposase-'''A'''ccessible'''C'''hromatin using'''seq'''uencing）是用佇檢測基因組染色質會當佮性的分子生物學手段
。此方法使用高活性突變型 Tn 五轉座枋欲擴增引物插入開放的染色質，了後對遮的區域來進行擴增，以知影講佗一寡區域是開放（可及）的。此方法是 MNase-seq、FAIRE-Seq 和 DNase-Seq 的替代方法，佇二空一三年發表。著佮表觀基因組的分析，ATAC-seq 比 DNase-seq 和 MNase-seq 攏加足緊的、閣較靈敏。

==是咧講==

ATAC-seq 通過使用高活性突變型 Tn 五轉座抹探測開放染色質來識別可訪問的 DNA 區域。DNA 測序的時陣愛進行 PCR 擴增，交易需要先佮引物結合才會當進行擴增。Tn 龜笑詼會當共引物插入基因組的開放區域，以擴增遮的區域。天然存在的轉座性地較低，ATAC-seq 使用突變型轉座抹具有高活性。

在稱為「標記化」的過程中，Tn 五轉座抹壁使用測序接頭切割佮標記雙鏈 DNA。然後對標記的 DNA 片段進行純化、PCR 擴增，閣使用後一代的測序來進行測序。然後會當使用測序讀片段來推斷會當訪問性增加的區域猶閣有畫製轉錄因為結合位點佮核小體位置的區域。佇單核酸解析度下跤，一个區域的讀取片段個數佮染色質的開放程度相關。ATAC-seq 無需要像 FAIRE-seq 按呢需要使用超聲處理抑是苯酚-氯仿提純；無需要像 ChIP-seq 按呢使用抗體；嘛無需要像 MNase-seq 抑是 DNase-seq 彼款進行敏感的被消化。會當佇三點鐘內完成 ATAC-seq 的準備。

==應用==

ATAC-Seq 分析會當用佇咧研究真濟染色質會當有特徵。上捷看的用途是核小體定位實驗，嘛會當會當佇定位轉錄因為結合位點，適用佇定位 DNA 甲基化位點，抑是其他的測序技術嘛結合。

提懸解析度增強子映射的用途包括研究發育過程內底來增強子使用的進化差異（比如講烏猩猩佮人類之間的較）佮揭示血細胞分化過程中使用的譜系特異性增強子圖。

ATAC-Seq 嘛被應用佇定義人類癌症內底全基因組染色質會當佮性地的情形，公示矣黃斑變性中染色質會使及性的整體下降。會當佇 ATAC-seq 上運用計算跤跡的方法，以揣著具有細胞特異性活性的細胞特異性結合位點佮轉錄因為。

==單細胞 ATAC-seq==

為著欲進行單細胞的分析，有人已經對 ATAC-seq 流程進行矣修改，以進行 scATAC-seq（sc 代表「單細胞」）。微流控技術通用佇分離單個核並單獨執行 ATAC-seq 反應。通過這種方法，單一个細胞佇標記進前予微流體裝置抑是液體沉積系統有掠著。一種無需要單細胞分離的替代技術是組合細胞索引。該技術來使用條形碼來測量數千个單個細胞中染色質的有可及性；伊會當佇逐个實驗中生成十 , 空七一百 , 零个細胞的表觀基因組圖譜。但是組合細胞索引需要額外的、訂做設計的設備抑是大量攏定做的、修改過的 Tn 五。最近，有人開發矣叫做 sci-CAR 的混合條形碼方法，允准對單細胞的染色會當佮性佮基因表達進行聯合分析。

咧進行 scATAC-seq 的計算分析的時陣，會當每一个開放染色質區域的讀取片段數建立計數矩陣。會當過假濟細胞的 ATAC-seq 數據的標準峰值來定義開放染色質區域。隨後，會用得 PCA 進行數據降維，著細胞進行聚類。scATAC-seq 矩陣可能有夠大的（數十萬个區域）並且是足疏的，即不到百分之三的條目是非零的。所以，計數矩陣的補助是另外一个關鍵步。佮偌細胞 ATAC-seq 仝款，scATAC-seq 會當揣著調節因為，如控制細胞基因表達的轉錄因為。這會當通過查看箍圍仔踅轉錄因為模式序列的讀取片段個數抑是跤跡分析來實現。

==參考資料==

==外部連結==

* ATAC-seq probes open-chromatin state ( figure )
* ATAC-seq : Fast and sensitive epigenomic profiling
* HINT-ATAC : Identification of Transcription Factor Binding Sites using ATAC-seq

[[分類: 待校正]]

ATAC-seq - 修訂紀錄

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