表觀基因組
表觀基因組(英語:Epigenome)記錄著一生物體的 DNA 和組蛋白的一系列化學變化;遮的變化會當傳達予該生物體的囝代。改變表觀基因會致使染色體結構佮基因作用發生變化。表觀基因參與基因表達、個體發展、組織分化佮轉座子的或制過程。無仝其底層的基因,表觀基因對個體來講並毋是基本靜態不變的,是會當予環境的因素動態更改的。表觀基因這馬是癌症研究的熱門話題之一。人類腫瘤由 DNA 甲基化和組卵白修改模式的破壞造成。癌細胞表觀基因各樣狀態的特點是:普遍基因的甲基化比例較低、腫瘤或制基因的 CpG 島啟動囝甲基化比例過懸、關鍵基因的組卵白發生改變、總體上體現出單乙-Qaeda佮三甲基組卵白 H 四缺失。
關於表觀基因的足濟問題這馬攏猶未予人創甲清。一寡人已經提議啟動人類表觀基因的組計畫。人類表觀基因組先驅計劃,作為全面人類表觀基因組計劃的先導,旨佇識別並分類人類基因中的甲基化異位點(MVP , Methylation Variable Positions)。 列序技術方面的進步予人會當通過規系列分子方法對表觀基因狀態進行基因級別的測序。
NIH 路線圖表觀基因計畫的目標之一是按正常、健康的人類個體的各種細胞系、原代細胞、佮主要分化中廣泛選取的表觀基因組內生成人類參考表觀基因組。路線圖表觀基因組計畫研究所得的數據會當對人類表觀基因地圖冊下載、瀏覽,遮的數據會當分做五類,分別是對表觀基因組和表觀基因組各狀態的影響的無仝款的方面來進行測序的結果:
一 .組卵白修改:染色質免疫坐清測序(ChIP-Seq)使用抗各種組卵白修飾變體的抗體,毋過鑑定出全基因組組卵白修飾類型。 二 .DNA 甲基化:全基因組亞硫酸氫鹽測序,簡化代表亞硫酸氫鹽測序(RRBS), 甲基化 DNA 免疫沉底的測序(MeDIP-Seq), 佮甲基化-敏感限制性增測序(MRE-Seq)會當無仝款解析度鑑定 DNA 佇基因組甲基化的所在,解析度最佳會當達鹼基的等級。 三 .染色體會當達性:DNase I hypersensitive sites Sequencing(DNase-Seq)可鑑定染色質開放的區域。 四 .基因表達:RNA 測序佮表達規列會當鑑定基因表現水準抑是卵白質的編碼基因。 五 .細 RNA 表達:smRNA-Seq 可鑑定主要是 miRNA 等小非編碼 RNA(small noncoding RNA,snRNA)的表現。
對健康個體得著的參考表觀基因組為路線圖表觀基因組計畫的第二个目標—— 走揣疾病的狀態之下(比如阿茲海默病人的)表觀基因的變化—— 拍落去矣基礎。
關於測定參考表觀基因組的國際合作,最近當咧通過國際人類的表觀基因嘛會啟動。
引用
外部連結
- Reference Epigenome Mapping Consortium Homepage
- NCBI Epigenomics Hub
- NCBI Gene Expression Omnibus Epigenomics
- The Human Epigenome Atlas
- Roadmap Epigenomics Visualization Hub
- Roadmap Epigenomics Visualization Hub ( load track hub )
- Human Epigenome Browser at Washington University
- Epigenome Browser UCSC mirror
- Human Epigenome Project
- Cancer Research