FASTQ格式

FASTQ 格式是一種儲存生物序列（通常為核酸序列）佮其定序品質著分資訊的文字格式。序列佮品質得分攏由單的 ASCII 字元表示。

該格式上早是由維爾康姆基金會桑格研究所開發，旨咧將 FASTA 格式序列佮其品質資料整合做伙。佇目前，FASTQ 格式已經成做儲存高通量定序結果的事實標準。

格式

FASTQ 檔案中，一个序列通常由四行組成：

• 第一途以 @ 一開頭，以後為序列的這个識別碼以及描述資訊（佮 FASTA 格式的描述行類似）
• 第二行為序列資訊
• 第三行以 + 一開頭，了後會當閣再加上序列的標識佮描述資訊（通選）
• 第四行為品質著分的資訊，佮第二途的序列照對應，長度必須佮第二卷仝款以下為一个包含單利列的 FASTQ 檔案範例：

` ` ` @ SEQ _ ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT + !* ( ( ( (* + ) ) % % % + + ) ( % % % % ) . 一*-+ *) ) * * 五十五 CCF > > > > > > CCCCCCC 六十五 ` ` `

其中！為上低品質、~ 是上懸的品質。以下字元對倒到正代表對低到懸的品質得分的：

` ` ` ! " # $ % &'( ) * + ,-. / 一石兩千三百四十五五鋪六千七百八十九 : ; <=> ? @ ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ [\] ^ _ ` abcdefghijklmnopqrstuvwxyz { | } ~ ` ` `

字元佮對應的 ASCII 碼如下：

上蓋起頭的研究所的 FASTQ 格式允准序列佮品質資訊分做多行儲存。但是一般無推薦採用這種方式，就是因為第一、第三途開頭的 @ 佮 + 符號仝款也可能出現佇品質資訊內底，有可能會造成資訊提取的困難。

參見

• FASTA 格式