GROMACS

GROMACS（全稱：GROningen MAchine for Chemical Simulations，格羅寧根化學模擬體系）是一套分子動力學模擬程序包，主要是用來模擬研究卵白質、脂質、核酸等生物分子的性質。伊起初由荷蘭格羅寧根大學生物化學系開發，目前由來自世界各地的大學佮研究機構維護。GROMACS 是開源免費的軟體，四堵六版進前的版本使用 GNU 通用公共許可證 ( GPL ) 發行，抑若四堵六版的時陣就使用 GNU 闊通用公共許可證 ( LGPL ) 發行。

歷史

GROMACS 項目佇一九九一年，由荷蘭格羅寧根大學生物化學系開發 ( 一千九百九十一孵二千 )，起初目標是構建一个佇環形架構集群內底進行並行計算的分子模擬環境。了仝一个研究組使用 C 語言重寫矣程序，代早期的 Fortran 七十七版本。目前，Fortran 七十七編譯器是會當選的，Fortran 代碼猶原予人用佇性能敏感的模塊。

二空空一年開始，GROMACS 由瑞典皇家工學院佮烏普薩搝大學開發。

特性

因為算法的優化，GROMACS 效率是足懸的。並且，GROMACS 使用編譯安裝向望佇特定處理器達到上優化的運行效率。GROMACS 使用命令行接口運轉，使用文件輸入輸出，提供賰的時間估計 ( ETA ) 反饋，提供分子軌跡查看器佮分子軌跡分析擴展包。。 此外，GROMACS 支持真濟種力場，會當並行運行，抑是使用 MPI 做集群計算。GROMACS 使用 PDB 文件導入分子坐標信息。導入一个抑是幾个（譬如講溶劑）分子坐標文件開始算，程序隔一段模擬時間取樣輸出軌跡文件，遮的鐵枝路文件會當用家己紮的工具抑是家己編程分析。

彩卵

截至二空一空年一月   ( 二千空一十二一 )，GROMACS 的原始碼中有含大約四百个英語以 GROMACS 為縮略語的笑詼，遮的句隨機出現佇程序運行的輸出流中。

應用

GROMACS 的非 GPL 許可證版本被應用佇分佈式計算項目 Folding @ home。模擬人工性命的 EvoGrid 是另外一个應用 GROMACS 的項目。

外部連結

• 官方網站
• GROMACS on GPUs
• Binaries of GROMACS 四配六 . 五 for Windows / Cygwin
• GROMACS on the bwHPC Clusters in Germany